Na investigação da síndrome de Lynch, Fleury usa técnica diferenciada para identificar variante em região de homologia no gene PMS2

O câncer colorretal (CCR) é, no Brasil, o segundo tipo de tumor maligno mais frequente em homens e mulheres, quando excluídos os casos de câncer de pele não melanoma. O Instituto Nacional de Câncer estima 46 mil novos casos de CCR para o triênio de 2023 a 2025. Aproximadamente 5% dos casos de CCR são hereditários, grupo no qual a síndrome de Lynch figura como a condição mais prevalente.

Clinicamente caracterizada por um risco aumentado para um amplo espectro de tumores, incluindo CCR em idade jovem, câncer de endométrio, ovário, gástrico e renal, entre outros, a síndrome de Lynch tem padrão de herança autossômico dominante. É causada por variantes patogênicas germinativas em um dos genes MMR (do inglês, DNA mismatch repair genes), que incluem o MLH1, o MSH2, o MSH6 e o PMS2, ou, ainda, por uma deleção nos últimos éxons do gene EPCAM, levando ao silenciamento do MSH2.

Enquanto a maioria dos casos da síndrome de Lynch está associada aos genes MLH1 e MSH2, variantes no PMS2 contribuem com menos de 15% dos casos e apresentam menor penetrância. Ainda assim, diante de pacientes com a suspeita clínica da síndrome e indicação de análise genética, a identificação de variantes nesse gene é essencial, uma vez que isso impacta as estimativas de risco de câncer para o indivíduo e o aconselhamento genético de seus familiares.

No gene ou no pseudogene: onde está a variante?

Acontece que a análise molecular do PMS2 é desafiadora, visto que esse gene apresenta alta homologia com o pseudogene PMS2CL, ou seja, mais de 98% da sequência de DNA do PMS2 é semelhante ao PMS2CL, considerado biologicamente inativo (não produz uma proteína funcional). Tanto o PMS2 quanto o PMS2CL estão localizados no cromossomo 7, com similaridades importantes sobretudo no éxon 9 e entre os éxons 11 e 15.

Uma vez que o sequenciamento de nova geração (NGS) identifica variantes ao longo de todos os segmen-tos codificantes do PMS2, mas tem limitações para diferenciar se uma alteração detectada está presente no gene ou no pseudogene, o uso de diferentes metodologias se faz necessário nesse contexto. O long-range PCR, seguido por nested PCR e sequenciamento Sanger, é uma das técnicas utilizadas para confirmar que variantes patogênicas germinativas detectadas por NGS em regiões de alta homologia do PMS2 se encontram, de fato, nesse gene.

O Fleury é pioneiro no Brasil na realização desse teste complementar e, diante da detecção de uma variante patogênica ou provavelmente patogênica em região de homologia em qualquer análise germinativa do gene PMS2 por NGS, direciona o exame diretamente para a etapa confirmatória, evitando diagnósticos equivocados. O diagnóstico molecular preciso é fundamental para o correto manejo da síndrome de Lynch e para o aconselhamento genético.

Para variantes de significado indeterminado (VUS) identificadas nessa região, o Fleury emite uma nota no laudo informando sobre a homologia com o pseudogene, o que possibilita, a critério médico, a solicitação da técnica long range PCR para confirmação. Vale ressaltar que as VUS não devem ditar condutas clínicas até que sejam reclassificadas.

Outros painéis genéticos disponíveis no Fleury que incluem a análise dos genes MMR:

• Painel genético para câncer colorretal hereditário
• Painel genético para câncer de mama e ovário hereditários
• Painel genético para câncer gástrico hereditário
• Painel genético para câncer de pâncreas hereditário
• Painel genético para câncer de próstata hereditário
• Painel genético expandido para câncer hereditário
• Cancerprime, ou painel para principais síndromes de predisposição ao câncer hereditário
• Fastcancer, ou painel rápido para câncer hereditário

Ficha técnica

Painel genético para síndrome de Lynch

Método: sequenciamento de nova geração (NGS) com CNV
Genes analisados: EPCAM, MLH1 (inclui promotor), MSH2, MSH6, PMS2
Amostra: sangue periférico, saliva* ou swab de bochecha*
Prazo de resultados: em até 20 dias

Sequenciamento do gene PMS2 usando long range PCR

Método: amplificação de todo o segmento do gene PMS2 por meio de um PCR longo (long range PCR), evitando a amplificação do pseudogene PMS2CL. O produto dessa amplificação inicial é utilizado como template para um segundo teste de PCR, seguido por sequenciamento de Sanger para o reconhecimento da variante solicitada. O laudo se baseia na identificação da variante no gene PMS2 e sua classificação segue critérios de associações médicas internacionais
Gene analisado: PMS2
Amostra: sangue periférico, saliva* ou swab de bochecha*
Prazo de resultados: em até dez dias úteis
*Disponíveis apenas pela plataforma digital Fleury Genômica

Consultoria médica 

Dra. Daniele Paixão Pereira
daniele.ppereira@grupofleury.com.br

Dr. Wagner Antonio da Rosa Baratela
wagner.baratela@grupofleury.com.br