Guardant360®: mais uma opção para realizar o perfil genômico tumoral abrangente por biópsia líquida

O tratamento do câncer tem evoluído substancialmente nos últimos anos, o que inclui novas abordagens direcionadas a alvos moleculares tumorais específicos, proporcionando
terapias individualizadas com melhores resultados, menor toxicidade e redução de custos – é a chamada Oncologia de Precisão.

Os guidelines da National Comprehensive Cancer Network destacam a estratégia para o tratamento de diversos tipos de neoplasias, a exemplo dos cânceres de pulmão
de não pequenas células (NSCLC), de mama, colorretal, melanoma, adenocarcinoma gástrico e tumor do estroma gastrointestinal, entre outros, com promissora expansão.
Dessa forma, atualmente se recomenda, para tumores sólidos avançados, a avaliação abrangente do perfil molecular da lesão por sequenciamento de nova geração (NGS),
método capaz de detectar simultaneamente múltiplas variantes genéticas de diferentes tipos, como variantes de nucleotídeo único (SNV), inserções e deleções, variação do
número de cópias e rearranjos gênicos (fusões), que podem determinar a indicação de opções terapêuticas mais eficazes.

Nesse cenário, vale assinalar que, na prática clínica, a Oncologia de Precisão depende da obtenção de amostras de tecido tumoral para a análise dos biomarcadores de cada
câncer, o que, em diversos casos, é impactado por importantes fatores, tais como a necessidade de procedimento invasivo não isento de riscos, as condições do paciente, a
impossibilidade de acessar a lesão ou de obter quantidade de tecido suficiente e até mesmo a representatividade do material, que pode não contemplar todas as características moleculares relevantes do tumor, devido à heterogeneidade espacial e temporal da doença.

A biópsia líquida como oportunidade para contornar limitações

A presença de moléculas de DNA livre, fora das células e circulantes no plasma (cfDNA), está bem estabelecida. Sabe- se que, durante a morte celular, fragmentos de DNA são
constantemente liberados na corrente sanguínea, embora a concentração dessas moléculas se mantenha relativamente baixa. Quando há uma neoplasia, contudo, uma fração do cfDNA deriva do tumor, podendo representar de menos de 0,1% a mais de 10% do total de DNA livre circulante.

O ponto crucial é que o DNA tumoral circulante (ctDNA) carrega as mesmas informações genéticas do próprio câncer e, portanto, as mesmas variantes genéticas das células
neoplásicas. Assim, amostras de sangue podem ser usadas para detectar, de forma não invasiva, material originário do tumor em pacientes com câncer. Denominada biópsia líquida, essa estratégia pode constituir, em alguns casos, uma alternativa à biópsia tecidual para a pesquisa de alterações genéticas clinicamente relevantes da doença.

O Fleury oferece diversos testes para avaliação de perfil genômico tumoral abrangente por biópsia líquida, entre os quais o novo Guardant360®, que apresenta altas sensibilidade
e especificidade para detectar alterações genômicas recomendadas pelos guidelines e clinicamente validado como método para orientar decisões de tratamento em pacientes
com tumores sólidos avançados.

Vantagens da biópsia líquida

- É realizada por meio de uma coleta de sangue simples.
- Pode avaliar qualquer paciente com tumor sólido
avançado.
- Mesmo não substituindo a biópsia de tecido,
constitui-se em alternativa importante, sobretudo nos
casos em que a obtenção de tecido não é factível ou
é insuficiente.
- Evita complicações associadas a procedimentos
invasivos.
- Reduz o tempo entre a solicitação do teste e o
resultado do exame.
- Permite uma análise de elevadas sensibilidade e
especificidade para a detecção de alterações
genômicas.
- Funciona como uma opção para o seguimento
longitudinal, que pode ser útil para avaliar a aquisição
de resistência a determinado tratamento, para a
monitorização terapêutica e para a predição precoce
da eficácia da imunoterapia, entre outras aplicações.
- Uma vez que o ctDNA deriva de toda a carga
tumoral, o material obtido pelo exame representa,
potencialmente, a heterogeneidade do câncer.

Tudo para avaliar o perfil genômico tumoral

Guardant360® 74 genes (feito pela GuardantTM)

Método: NGS de DNA circulante tumoral livre de célula.
Análise de mutações somáticas em 24 genes completos e
cobertura de regiões críticas de 50 genes. Identificação de
SNV e inserções/deleções (indel) em 74 genes, de variação
no número de cópias (CNV) em 18 genes e de fusões em
seis genes. Inclui instabilidade de microssatélite (MSI)
Genes analisados:
• Cobertura total de éxon (24 genes):
APC, AR, ATM, BRAF, BRCA1, BRCA2, CDK4, CDK6, CDK12,
EGFR, ERBB2 (HER2), HRAS, KIT, KRAS, MAPK1, MAPK3,
MET, MYC, NRAS, PIK3CA, PTEN, STK11, TP53, VHL
• Cobertura de regiões críticas (50 genes):
AKT1, ALK, ARAF, ARID1A, CCND1, CCND2, CCNE1, CDH1,
CDKN2A, CTNNB1, DDR2, ESR1, EZH2, FBXW7, FGFR1,
FGFR2, FGFR3, GATA3, GNA11, GNAq, GNAs, HNF1A, IDH1,
IDH2, JAK2, JAK3, MPAK1, MPAK2, MLH1, MPL, MTOR, NF1,
NFE2L2, NOTCH1, NPM1, NTRK1, NTRAK3, PDGFRA, PTPN11,
RAF1, RB1, RET, RHEB, RHOA, RIT1, ROS1, SMAD4, SMO,
TERT (inclui região promotora), TSC1
• CNV: AR, BRAF, CCND1, CCND2, CCN31, CDK4, CDK6,
EGFR, ERBB2 (HER2), FGFR1, FGFR2, KIT, KRAS, MET, MYC,
PDGFRA, PIK3CA, RAF1
• Fusões: ALK, FGFR2, FGFR3, NTRK1, RET, ROS1
• Inclui: MSI
Amostra: sangue periférico
Prazo de resultados: 15 dias corridos

Guardant360® 83 genes (feito pela GuardantTM)

Método: NGS de DNA circulante tumoral livre de célula.
Análise de mutações somáticas em 83 genes completos.
Identificação de SNV e inserções/deleções (indel) em 83
genes, de variação no número de cópias (CNV) em 19 genes
e de fusões em 11 genes. Inclui MSI e carga mutacional
tumoral
Genes analisados: AKT1, ALK, APC, AR, ARAF, ARID1A,
ATM, BRAF, BRCA1, BRCA2, CCND1, CCND2, CCNE1, CDH1,
CDK12, CDK4, CDK6, CDKN2A, CHEK2, CTNNB1, DDR2, EGFR,
ERBB2:23, ESR1, EZH2, FANCA, FBXW7, FGFR1, FGFR2,
FGFR3, GATA3, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1,
IDH2, JAK2, JAK3, KEAP1, KIT, KRAS, MAP2K1, MAP2K2:22,
MAPK1, MAPK3, MET, MLH1, MPL, MSH2, MSH6, MTOR,
MYC, NF1, NFE2L2, NOTCH1, NPM1, NRAS, NTRK1, NTRK2,
NTRK3, PALB2, PDGFRA, PIK3CA, PMS2, PTEN, PTPN11:23,
RAD51D, RAF1, RB1, RET, RHEB, RHOA, RIT1, ROS1, SMAD4,
SMO, STK11, TERT, TP53, TSC1, VHL
• CNV: AR, BRAF, CCND1, CCND2, CCNE1, CDK4, CDK6, EGFR,
ERBB2, ESR1, FGFR1, FGFR2, KIT, KRAS, MET, MYC, PDGFRA,
PIK3CA, RAF1
• Fusões: ALK, BRAF, EGFR, FGFR1, FGFR3, MET, NTRK1,
NTRK2, NTRK3, RET, ROS1
• Inclui: MSI e carga mutacional tumoral
Amostra: sangue periférico
Prazo de resultados: 18 dias corridos

Foundation One Liquid® (feito pela Foundation One)

Método: utiliza DNA circulante livre de células (cfDNA), isolado de plasma obtido
do sangue total periférico anticoagulado. Baseia-se em NGS e analisa 324 genes
relevantes no contexto tumoral. Substituições e indel são relatadas em 311 genes,
alteração no número de cópias/amplificação (CNA), em 310 genes, e rearranjos
genéticos, em 324 genes. O teste também detecta a fração tumoral e avalia os
biomarcadores genômicos bTMB (carga mutacional tumoral no sangue) e MSI
Genes analisados: ABL1 [éxons 4-9], ACVR1B, AKT1 [éxon 3], AKT2, AKT3, ALK
[éxons 20-29, íntrons 18,19], ALOX12B, AMER1 (FAM123B), APC, AR, ARAF
[éxons 4, 5, 7, 11, 13, 15, 16], ARFRP1, ARID1A, ASXL1, ATM, ATR, ATRX, AURKA,
AURKB, AXIN1, AXL, BAP1, BARD1, BCL2, BCL2L1, BCL2L2, BCL6, BCOR, BCORL1,
BCR* [íntrons 8, 13, 14], BRAF [éxons 11-18, íntrons 7-10], BRCA1 [íntrons 2, 7,
8, 12, 16, 19, 20], BRCA2 [íntron 2], BRD4, BRIP1, BTG1, BTG2, BTK [éxons 2, 15],
C11orf30 (EMSY), C17orf39 (GID4), CALR, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CCND1,
CCND2, CCND3, CCNE1, CD22, CD70, CD74* [íntrons 6-8], CD79A, CD79B, CD274
(PD-L1), CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A,
CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CHEK1, CHEK2, CIC, CREBBP, CRKL, CSF1R, CSF3R,
CTCF, CTNNA1, CTNNB1 [éxon 3], CUL3 CUL4A, CXCR4, CYP17A1, DAXX, DDR1,
DDR2 [éxons 5, 17, 18], DIS3, DNMT3A, DOT1L, EED, EGFR [íntrons 7, 15, 24-27],
EP300, EPHA3, EPHB1, EPHB4, ERBB2, ERBB3 [éxons 3, 6, 7, 8, 10, 12, 20, 21, 23,
24, 25], ERBB4, ERCC4, ERG, ERRFI1, ESR1 [éxons 4-8], ETV4* [íntron 8], ETV5*
[íntrons 6,7], ETV6* [íntrons 5,6], EWSR1* [íntrons 7-13], EZH2 [éxons 4, 16, 17,
18], EZR* [íntrons 9-11], FAM46C, FANCA, FANCC, FANCG, FANCL, FAS, FBXW7,
FGF10, FGF12, FGF14, FGF19, FGF23, FGF3, FGF4, FGF6, FGFR1 [íntrons 1, 5, 17],
FGFR2 [íntrons 1, 17], FGFR3 [éxons 7, 9 (alternative designation exon 10), 14, 18,
íntron 17], FGFR4, FH, FLCN, FLT1, FLT3 [éxons 14, 15, 20], FOXL2, FUBP1, GABRA6,
GATA3, GATA4, GATA6, GNA11 [éxons 4, 5], GNA13, GNAQ [éxons 4, 5], GNAS
[éxons 1, 8], GRM3, GSK3B, H3F3A, HDAC1, HGF, HNF1A, HRAS [éxons 2, 3],
HSD3B1, ID3, IDH1 [éxon 4], IDH2 [éxon 4], IGF1R, IKBKE, IKZF1, INPP4B, IRF2, IRF4,
IRS2, JAK1, JAK2 [éxon 14], JAK3 [éxons 5, 11, 12, 13, 15, 16], JUN, KDM5A, KDM5C,
KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIT [éxons 8, 9, 11, 12, 13, 17, íntron 16], KLHL6, KMT2A
(MLL) [íntrons 6, 7, 8-11], KMT2D (MLL2), KRAS, LTK, LYN, MAF, MAP2K1 (MEK1)
[éxons 2, 3], MAP2K2 (MEK2) [éxons 2-4, 6, 7], MAP2K4, MAP3K1, MAP3K13,
MAPK1, MCL1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEN1, MERTK, MET, MITF,
MKNK1, MLH1, MPL [éxon 10], MRE11A, MSH2 [íntron 5], MSH3, MSH6, MST1R,
MTAP, MTOR [éxons 19, 30, 39, 40, 43-45, 47, 48, 53, 56], MUTYH, MYB* [íntron
14], MYC [íntron 1], MYCL (MYCL1), MYCN, MYD88 [éxon 4], NBN, NF1, NF2,
NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NOTCH1, NOTCH2 [íntron 26], NOTCH3, NPM1 [éxons
4-6, 8, 10], NRAS [éxons 2, 3], NSD3 (WHSC1L1), NT5C2, NTRK1 [éxons 14, 15,
íntrons 8-11], NTRK2 [íntron 12], NTRK3 [éxons 16, 17], NUTM1* [íntron 1], P2RY8,
PALB2, PARK2, PARP1, PARP2, PARP3, PAX5, PBRM1, PDCD1 (PD-1), PDCD1LG2
(PD-L2), PDGFRA [éxons 12, 18, íntrons 7, 9, 11], PDGFRB [éxons 12-21, 23], PDK1,
PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3CA [éxons 2, 3, 5-8, 10, 14, 19, 21 (coding exons 1, 2, 4-7,
9, 13, 18, 20)], PIK3CB, PIK3R1, PIM1, PMS2, POLD1, POLE, PPARG, PPP2R1A,
PPP2R2A, PRDM1, PRKAR1A, PRKCI, PTCH1, PTEN, PTPN11, PTPRO, QKI, RAC1,
RAD21, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1 [éxons 3, 4, 6, 7,
10, 14, 15, 17, íntrons 4-8], RARA [íntron 2], RB1, RBM10, REL, RET [éxons 11,
13-16, íntrons 7, 8, 9-11], RICTOR, RNF43, ROS1 [éxons 31, 36-38, 40, íntrons
31-35], RPTOR, RSPO2* [íntron 1], SDC4* [íntron 2], SDHA, SDHB, SDHC, SDHD,
SETD2, SF3B1, SGK1, SLC34A2* [íntron 4], SMAD2, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1,
SMO, SNCAIP, SOCS1, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SRC, STAG2, STAT3, STK11,
SUFU, SYK, TBX3, TEK, TERC* (ncRNA), TERT* (promotor), TET2, TGFBR2, TIPARP,
TMPRSS2* [íntrons 1-3], TNFAIP3, TNFRSF14, TP53, TSC1, TSC2, TYRO3, U2AF1,
VEGFA, VHL, WHSC1, WT1, XPO1, XRCC2, ZNF217, ZNF703
• Inclui: MSI e TMB
Amostra: sangue periférico
Prazo de resultados: 25 dias corridos

Oncofoco Liquid (feito pelo Fleury)

Método: NGS de DNA circulante tumoral livre de célula. Análise de mutações somáticas
em 523 genes completos, selecionados por captura híbrida. Uso de índices moleculares
para aumentar a sensibilidade e a confiabilidade dos achados. Identificação de SNV e
inserções/deleções (indel) em 523 genes, de alteração no número de cópias/amplificação
(CNA) em 59 genes e de fusões em 23 genes
Genes analisados: ABL1, ABL2, ACVR1, ACVR1B, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ALOX12B, ANKRD11,
ANKRD26, APC, AR, ARAF, ARFRP1, ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR,
ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL2, BCL2L1,
BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCOR, BCORL1, BCR, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2,
BRD4, BRIP1, BTG1, BTK, C11orf30, CALR, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3,
CCNE1, CD274, CD276, CD74, CD79A, CD79B, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8,
CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2,
CIC, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSF1R, CSF3R, CSNK1A1, CTCF, CTLA4, CTNNA1, CTNNB1, CUL3,
CUX1, CXCR4, CYLD, DAXX, DCUN1D1, DDR2, DDX41, DHX15, DICER1, DIS3, DNAJB1, DNMT1,
DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, E2F3, EED, EGFL7, EGFR, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, EML4, EP300,
EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3,
ERCC4, ERCC5, ERG, ERRFI1, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EZH2, FAM123B,
FAM175A, FAM46C, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS,
FAT1, FBXW7, FGF1, FGF10, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8,
FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FOXA1, FOXL2, FOXO1,
FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4, GLI1,
GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, H3F3A, H3F3B,
H3F3C, HGF, HIST1H1C, HIST1H2BD, HIST1H3A, HIST1H3B, HIST1H3C, HIST1H3D, HIST1H3E,
HIST1H3F, HIST1H3G, HIST1H3H, HIST1H3I, HIST1H3J, HIST2H3A, HIST2H3,C HIST2H3D,
HIST3H3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HNF1A, HNRNPK, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1,
ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IL10, IL7R, INHA, INHBA,
INPP4A, INPP4B, INSR, IRF2, IRF4, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JUN, KAT6A, KDM5A, KDM5C,
KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT, KLF4, KLHL6, KMT2B, KMT2C, KMT2D, KRAS, LAMP1,
LATS1, LATS2, LMO1, LRP1B, LYN, LZTR1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4,
MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAP3K4, MAPK1, MAPK3, MAX, MCL1, MDC1, MDM2, MDM4,
MED12, MEF2B, MEN1, MET, MGA, MITF, MLH1, MLL, MLLT3, MPL, MRE11A, MSH2, MSH3,
MSH6, MST1, MST1R, MTOR, MUTYH, MYB, MYC, MYCL, MYCN, MYD88, MYOD1, NAB2,
NBN, NCOA3, NCOR1, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOTCH1, NOTCH2,
NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS, NRG1, NSD1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUP93, NUTM1, PAK1,
PAK3, PAK7, PALB2, PARK2, PARP1, PAX3, PAX5, PAX7, PAX8, PBRM1, PDCD1, PDCD1LG2,
PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA,
PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2,
PNRC1, POLD1, POLE, PPARG, PPM1D, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP6C, PRDM1, PREX2, PRKAR1A,
PRKCI, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN, PTPN11, PTPRD, PTPRS, PTPRT, QKI, RAB35, RAC1,
RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RANBP2, RARA,
RASA1, RB1, RBM10, RECQL4, REL, RET, RFWD2, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNF43, ROS1,
RPS6KA4, RPS6KB1, RPS6KB2, RPTOR, RUNX1, RUNX1T1, RYBP, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC,
SDHD, SETBP1, SETD2, SF3B1, SH2B3, SH2D1A, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4,
SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SNCAIP, SOCS1, SOX10, SOX17,
SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG1, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B,
STK11, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TBX3, TCEB1, TCF3, TCF7L2, TERC, TERT, TET1, TET2,
TFE3, TFRC, TGFBR1, TGFBR2, TMEM127, TMPRSS2, TNFAIP3, TNFRSF14, TOP1, TOP2A, TP53,
TP63, TRAF2, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, U2AF1, VEGFA, VHL, VTCN1, WISP3, WT1, XIAP, XPO1,
XRCC2, YAP1, YES1, ZBTB2, ZBTB7A, ZFHX3, ZNF217, ZNF703, ZRSR2
• CNA: AKT2, ALK, AR, ATM, BRAF, BRCA1, BRCA2, CCND1, CCND3, CCNE1, CDK4, CDK6,
CHEK1, CHEK2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERCC1, ERCC2, ESR1, FGF1, FGF10, FGF14, FGF19, FGF2,
FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, JAK2, KIT,
KRAS, LAMP1, MDM2, MDM4, MET, MYC, MYCL, MYCN, NRAS, NRG1, PDGFRA, PDGFRB,
PIK3CA, PIK3CB, PTEN, RAF1, RET, RICTOR, RPS6KB1, TFRC
• Fusões: ABL1, ALK, BCR, BRAF, CD74, EGFR, ETV1, ETV4, ETV6, EWSR1, FGFR2, FGFR3, NAB2,
NTRK1, NTRK2, NUTM1, PAX3, PAX8, PPARG, RET, ROS1, TFE3, TMPRSS2
Amostra: sangue periférico
Prazo de resultados: 15 dias corridos

CONSULTORIA MÉDICA

Dr. Aloísio S. Felipe Silva
[email protected]

Dra. Dafne Carvalho Andrade
[email protected]

Dr. Renato José M. Natalino
[email protected]